制备聚丙烯酰胺凝胶的过程包括许多步骤：清洗和准备胶板、混合各种成分、灌胶、等待凝固，**后移除梳子，相当费时费力，是繁琐的实验室操作工作。而且丙烯酰胺凝胶溶液中还具有神经毒性，需要加强防护。
预制凝胶已逐渐普遍，因它能相对地节省时间并降低工作量，仅需要准备胶板、灌胶等程序。然而，它仍需要试验人员小心地将DNA样本加至每个加样孔中（防止相邻的孔间污染）。毛细管电泳的发展受到了许多DNA科学家的青睐，因为它实现了枯燥的灌胶和上样工作的自动化。
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