植物生长需要合适的温度和湿度。与此对应，阳光板温室需要通风系统来调节和控制室内的温度和湿度，为植物提供适宜的生长环境。通常，阳光板温室通风系统可以分为自然通风和强制通风两种。所谓自然通风即通过开启阳光板温室的侧窗或者天窗，利用阳光板温室内外温度差异或者风压，实现阳光板温室内外空气对流，降低阳光板温室内的温度、湿度。所谓强制通风即通过启动风机等迫使阳光板温室内外空气对流，调节阳光板温室内的温度和湿度。两种通风方式各有特点，适用于不同的情形。

为了实现自然通风，人们可以在阳光板温室侧墙或屋顶上设置窗户。一般地，阳光板温室侧窗有利于增加阳光板温室周边的通风，但开启面积有限。而阳光板温室天窗的开启面积则要大得多，且热空气上行，所以阳光板温室天窗能更有效地增加整个阳光板温室的通风能力，有利于促进整个阳光板温室均匀降温。

随着单体阳光板温室面积的不断扩大，对于提高阳光板温室通风能力，天窗比侧窗效果要好得多。借助开窗系统，阳光板温室侧窗和天窗可以根据需要开启或关闭。阳光板温室侧窗通常为连续窗，如果阳光板温室覆盖了玻璃、PC板等比较坚硬的材料，则采用连续齿轮齿条系统驱动；如果是薄膜等软材料，则可采用卷膜开窗系统。还有一个选择是使用充气保利窗，即通过气囊充气或放气，实现保利窗的闭合和开启。阳光板温室天窗可以设计成沿阳光板温室屋脊连续开启或者断续开启。如果是连续天窗，则用连续齿轮齿条系统驱动，每个天窗使用一套连续齿轮齿条系统。多个连续天窗也可用分动式齿轮齿条系统同时启闭，即开窗轴上的扭矩分配器与涡轮蜗杆减速器输入轴相连，一个涡轮蜗杆减速器驱动一个天窗。当天窗材料为薄膜时，也可采用卷膜开窗系统；如果是断续天窗，可从桁架式齿轮齿条系统、摇摆式齿轮齿条系统、立柱固定式齿轮齿条系统中任选一种驱动系统。其中桁架式齿轮齿条系统**为常见，摇摆式齿轮齿条系统应用很少，而立柱固定式齿轮齿条系统只是将桁架式齿轮齿条系统中驱动轴和齿轮移到了阳光板温室天沟下面，减少了开窗系统对入射光的遮挡，这是开窗系统的一种发展趋势。

阳光板温室强制通风系统通常采用低压大流量轴流风机或者环流风扇。低压大流量轴流风机主要用来向阳光板温室内吹风，或者往阳光板温室外抽风。往阳光板温室外抽风可以避免气流对阳光板温室内植物的损害，且阳光板温室外空气将通过阳光板温室各处缝隙向阳光板温室内补充，有利于在阳光板温室内形成一个均匀、风速适中的空气流场，故应用要广泛得多。环流风扇是一种较小流量的轴流风机，多用于促进阳光板温室内空气的流动，有利于阳光板温室内温度、湿度的均匀，促进植物叶面水分的蒸发。当阳光板温室尺寸超出低压大流量轴流风机的有效工作距离时，可将环流风扇作为接力风机使用，以确保强制通风的效果。比较而言，自然通风耗能少、噪音低，通风均匀，但通风能力受阳光板温室周边气流、阳光板温室内外温差等因素影响，波动较大。强制通风要消耗大量电能，风机运行时机械噪音和风噪较大，其优点是通风能力较强、通风时间可控。因此，如果阳光板温室对通风要求不高，可考虑采用自然通风。反之，应采用强制通风。