管微波设备在食品杀菌保鲜方面具有重要用途，但该行业也存在不少问题，影响了行业的健康发展，这些问题包括——
　　
　　1.部分微波设备企业的制造技术不成熟。有些企业由于技术不过关，制造出的微波设备发生泄漏问题，既起不到对食品杀菌保鲜的作用，还会对操作工人的身体健康产生危害。
　　
　　2.部分微波设备企业夸大宣传。有些微波设备企业对客户(食品生产企业)宣称，只要采用了微波处理食品，就可达到杀菌保鲜的效果，有的把微波设备说成是 “包治百病”的工具。而事实情况并非如此，不少食品企业使用微波设备后，并没有获得预期的微波杀菌设备保鲜效果，原因是这些微波设备厂没有根据不同食品的特性，向客户提供相应的微波杀菌工艺。因为不同食品所需的杀菌工艺并不相同，且有些食品并不适合使用微波设备杀菌保鲜，如红枣等含糖量很高的食品就不宜采用微波处理，否则会被烧煳。
　　
　　3.不能为客户量身定做微波设备。对食品杀菌保鲜和干燥而言，微波设备应该是一种非标设备，对于不同的食品，微波设备应在微波功率、磁控管排布等方面做不同的设计。杀菌时间的设定也很重要，利用微波对同样的食品分别处理2分钟和3分钟，杀菌效果可能相差很大，有时会相差数倍。但有些微波设备厂由于自身的技术水平不高或嫌麻烦，不愿意根据客户所产食品的实际情况来设计、制造微波设备，而是提前根据自己的设想做好一批相同的微波设备，然后对不同的客户都称“其微波设备可保证对不同的食品起到良好的杀菌保鲜和干燥效果”。
　　
　　4.据微波设备工作人员介绍，目前，全国制造微波设备的工厂有100多家。他不无担忧地告诉记者，大量没有针对性的微波设备投放市场，由于不能有效地对食品进行杀菌保鲜、干燥，结果是食品生产企业弃用这些微波设备，既浪费了资源，又给食品企业造成了损失，后果是越来越多的食品企业认为“微波不适合在食品工业中使用”，导致食品企业不相信微波的作用，将不利于微波设备行业的持续发展。
　　
　　5.利用新概念误导客户。有些微波设备厂推出了“微波+紫外线”设备，声称可利用微波和紫外线对食品进行双重杀菌。其实，这是一种概念的炒作和对食品企业的误导，因为，利用微波对食品进行处理的时间很短，只有几分钟，微波发射管和紫外线发射管不可能放在同一个腔体内；且紫外线的穿透力弱、短时间照射的杀菌效果并不理想，杀菌的有效距离也很短。
　　
　　缺乏配套的应用技术服务。一些微波设备厂家缺乏食品工艺、食品微生物、食品原配料等方面的知识和技术人才，不能系统分析食品质量问题发生的原因，不能设计出具有针对性的微波设备及合理的杀菌工艺。食品企业使用这样的微波设备，自然不能获得理想的效果。